Eur J Endocrinol：石蜡遗骸转录组分析在肾上腺皮质癌诊断和预后中的价值

背景：内分泌乳癌(ACC)是一种罕见的新陈代谢乳癌(每年每百万人之之前有1-2例)，总体HRS极差。疾患对疾患者监管至关重要，但由于这种疾疾的罕见，疾患很困难。事实上，在内分泌(ACT)之之前，ACC是罕见的，大多数是内分泌腺瘤(ACA)。疾理恶特质评价专指Weiss评价，最常用于疾患。然而，具有之之前等评价和罕见疾毒学基因组突变的不更容易被归纳。特别是，未确定由大细胞和寡酸度表面三组成的寡酸度基因组突变体的恶特质是具有挑战特质的。

ACC的5年总体求生存率一般低于40%，但异质特质。HRS分层对指导外科手术决策很重要，特别是在辅助外科手术。疾患上使用的收纳要HRS原因是分期Ki-67增殖Index。其他HRS原因上会除此以外睾酮分泌和成年。

以之前的基因组三组研究表明，基因组三组变本土化集之之前在并不相同的分子可流感疾毒。核苷酸三组布谱是分子可归纳的基石。核苷酸三组布谱将内分泌腺瘤与乳癌区分开来，并鉴定单单两三组与HRS相关联的ACC：“C1a”亚三组，其增殖基因组过度表达出来，HRS不良；“C1B”亚三组，具有免疫特征，HRS较好。从核苷酸三组特征，已推断单单特定的mRNA标记，如BUB1BPINK1的差异特异特质。这些靶向标记物改善了ACC的疾患和HRS审计。然而，到目之前为止，核苷酸三组布谱及其靶向替代标记物仅限于高质量的RNA，无需高质量的融本土化三组织试样。在常规实践之之前，提供这种类改进型的材料承诺很高，而对于ACC疾患者来说，往往不能实现。

最近的3’RNA高通量技术捕捉并高通量了多腺苷本土化RNA 3’下端的短片段，这些片段不太更容易被RNA降解。与特异特质微阵列或标准化的全长RNA高通量并不相同，这种技术只无需少量和低质量的RNA，与冷冻固定矿物油包埋(FFPE)试样兼容。

目的：收纳要目的是运用取而代之3’下端RNA高通量技术，未确定冷冻固定矿物油包埋(FFPE)试样的核苷酸三组布谱。第二个目的是通过信息化研究罕见的寡酸细胞ACT变体，展示这种技术探索大改进型FFPE文件的控制能力。

方法：我们设为131例ACT：来自科钦诊所的受训路由表和来自维尔茨堡诊所的独立可验证路由表。用QuantSeq(Lexogen)和NextSeq500(Illumina)从FFPE试样之之前产生3’核苷酸三组。

结果：在受训路由表之之前，无统筹聚类识别单单3三组：“C1A”改进型洪水泛滥特质乳癌(N=28，29%)、“C1B”改进型乳癌(N=28，29%)和“C2”改进型腺瘤(N=39，41%)。FFPE核苷酸三组的HRS价值在可验证路由表之之前得到表明(5年OS：C1a三组为26%(N=26)，C1B三组为100%(N=10)，p=0.003)。在除此以外分期和Ki-67的多给定模改进型之之前，FFPE核苷酸三组是一个独立的HRS原因(OS-HR 7.5，p=0.01)。寡酸度淋巴细胞ACT(N=19)没过渡到任何特异簇。寡酸细胞乳癌(N=6)和恶特质创造特质没明的寡酸度细胞乳癌(N=4)大多为“C1B”。

布1.受训路由表之之前ACT的FFPE核苷酸三组归纳A.基于2000个最易变的基因组对ACT的非统筹归纳未确定了三个收纳要三组，对应于“C1A”洪水泛滥特质乳癌、“C1B”惰特质乳癌和“C2”腺瘤。B.用于生成非统筹归纳的3个非负特征值氧化(NMF)子类的热布。激素(肾上腺分本土化)、增殖和免疫征象在每种ACT之之前的表达出来。D.三三组核苷酸三组之之前差异最显著的之前50个基因组的表达出来谱。即通过给定聚类算法问到试样之间的完全相同度的凝确特质特征值。行和列是疾患者试样。歧见特征值值的范围从0(从不一起)到1(始终一起)。

布2.并不相同地带的FFPE核苷酸三组归纳。对受训路由表之之前5名疾患者的两个并不相同地带进行苏木凝/伊红/赛弗兰漂白(放大40倍)，其之之前一个为洪水泛滥特质(-a)区，一个为非洪水泛滥特质(-b)区。黑条代表50微米。黑色箭头问到单倍体。白色箭头问到不相比较的单倍体。B.描述为5名疾患者频域的两个并不相同的地带，其之之前一个是洪水泛滥特质(-a)，另一个是洪水泛滥特质(-b)。不适用：Fuhrman核级不适用于寡酸度细胞。C.基于PCA的两个收纳成份(Dim1、Dim2)的试样可视基于受训路由表的95个独特疾患者之之前的2000个最可变基因组。来自受训路由表的试样说明了为核苷酸三组班级着色的狭隘菱形。来自两个并不相同地带的8名疾患者的试样按疾患者的颜色说明了为全矩形。

布3.ACC可验证路由表之之前的FFPE核苷酸三组归纳和HRSA.试样可视基于PCA的两个收纳成份(Dim1，Dim2)，基于受训路由表之之前95个独特疾患者之之前最可变的2000个基因组。来自受训路由表的试样说明了为核苷酸三组班级着色的狭隘菱形。来自可验证路由表的试样以核苷酸三组子类着色的明晰矩形问到。B.根据可验证路由表之之前I-III期ACC疾患者的预测核苷酸三组类改进型进行无疾求生存。根据可验证路由表的I-IV期ACC疾患者的预测核苷酸三组归纳，总的乳乳癌。

论断：3’RNA高通量法是从FFPE试样之之前未确定ACT分子可类改进型的一种方便方法。这项技术应当有助于常规使用和大改进型详述研究。

译文单单处：Jouinot A, Lippert J, Sibony M,et al.Transcriptome in paraffin samples for the diagnosis and prognosis of adrenocortical carcinoma.Eur J Endocrinol 2022 Mar 01